연구 단계
현재 공개 기록은 컴퓨터 분석과 문헌 검토 중심의 연구 자료입니다. 임상 시험, 동물 실험, 환자 적용 데이터와는 구분해 공개합니다.
피부 회복을 더 정확히 이해하기 위한 RECOVER의 연구 기록
Research Ledger · Issue 01
연구 기록
피부 회복을 더 정확히 이해하기 위한 RECOVER의 연구 기록
26건상세 공개 기록
40건DOI/OSF/Zenodo 공개 식별자
14개피부 회복 관련 표적
50+도구계산 도구 검증
770건+참고문헌
연구 기록의 원칙
피부 회복을 더 정확히 이해하기 위한
피부 회복을 더 정확히 이해하기 위한
RECOVER의 연구 기록
흉터가 패이거나 단단해지는 과정, 붉은기와 색소가 오래 남는 이유, 피부가 회복되는 속도는 한 가지 말로 설명되기 어렵습니다. RECOVER Research는 이런 변화를 더 세밀하게 보기 위해 문헌, 이미지, 계산 연구를 함께 정리하는 기록입니다. 진료실에서는 이 태도를 바탕으로 흉터를 깊이, 당김, 색, 피부 반응으로 나누어 봅니다.
컴퓨터로 비교한 연구 후보
컴퓨터 분석 단계
컴퓨터 분석 단계의 연구 질문 예시입니다.
— 후보 라이브러리
EMB-3
R15
R16
R17
PVP-1
CHR-A
GENESIS MEDICINE LAB
연구가 이뤄지는 공간
문헌, 이미지, 계산 연구를 같은 기준으로 정리하는 RECOVER의 연구 기록 공간입니다. 진료실의 흉터 판독은 여기서 만든 배경 위에서 이뤄집니다.
— Why we record · 연구를 시작한 이유
피부 회복은 단순히 “상처가 아문다”는
피부 회복은 단순히 “상처가 아문다”는
말로 설명되기 어렵습니다.
흉터가 패이거나 단단해지는 과정, 색소가 오래 남는 이유, 여드름 후 피부가 회복되는 속도, 노화된 피부에서 콜라겐이 줄어드는 과정은 모두 세포와 단백질, 염증, 피부 장벽, 개인별 반응이 함께 관여합니다.
리커버는 이런 질문을 감각적인 설명에만 맡기지 않고, 복원 설계 기록 · 피부 이미지 · 공개 문헌 · 컴퓨터 분석을 함께 보며 더 정교하게 이해하려 합니다.
이 페이지의 연구 기록은 피부 회복을 더 정확히 이해하기 위한 질문의 기록입니다. 현재 대부분은 컴퓨터 분석과 문헌 검토 단계이며, 사람 대상 적용 전의 연구 배경으로 공개합니다.
연구 공개 기준
— 단계
— 범위
— 투명성
— 표현
적용 범위
진료실에서는 이 연구를 흉터를 바라보는 기준과 배경으로 활용합니다.
투명 공개
일부 연구 코드와 기록은 외부에서 확인할 수 있게 공개합니다.
표현 기준
모든 표현은 연구 활동의 단계와 출처를 설명하는 범위로 제한합니다.
IChapter
제1장 · 연구 구조
연구가 이어지는 구조 —
연구가 이어지는 구조 —
판독 · 기록 · 컴퓨터 연구
리커버 강남의 복원 설계 기록, 촬영·분석 도구, 컴퓨터 기반 연구는 서로 다른 역할로 운영됩니다.
피부 회복 관찰과 기록 체계를 운영하는 임상 현장입니다. 강남 역삼동 부일타워 5층 · 2026년 8월 17일 개원.
기준 화면과 기록 도구를 개발·운영합니다.
Genesis_Medicine Lab
컴퓨터 분석으로 피부 회복 관련 연구 질문을 정리합니다.
1 Genesis_Medicine Lab, Seoul, Republic of Korea
2 HAN PREDICT, Inc. (hanpredict.com)
3 Recover Korean Medicine Clinic (recover-clinic.kr)
ORCID · 0009-0004-4805-8815 ↗DStack
여기까지는 방문자가 이해할 수 있도록 정리한 RECOVER의 연구 철학입니다.
아래부터는 연구자·협력기관을 위한
아래부터는 연구자·협력기관을 위한
상세 기록입니다
Discovery Programs는 표적 정의, 분자 시뮬레이션, 피부 흡수 모델, 계산 도구 검증을 각각 별도 기록으로 공개합니다. RECOVER Research는 결과보다 과정과 검증 순서를 남기는 것을 기준으로 합니다.
아래부터는 연구자와 협력기관을 위한 기술 기록입니다. DOI, OSF, Zenodo, 계산 도구, 표적 기록을 통해 연구 과정과 검증 기준을 확인할 수 있습니다.
— 01 · Core Targets
Scar · ECM · MMP-1 · Indapamide
흉터 재생 5표적(TGF-β1, MMP-1, COL1A1, CTGF, LOX)에 Indapamide MMP-1 연구용 비교 후보를 더합니다. 기존 승인 약물 계열을 연구용 비교 후보로 두고, MMP-1 관련 계산 검증 기록을 함께 정리합니다.
기록07
— 02 · Discovery
xtb · Boltz-2 · ADMET-AI
반경험적 양자화학, 단백질-리간드 cofold, 약물성 평가, Bayesian active learning에 NNP 5-stack(MatterSim 5M, Orb-v3 OMol25, MACE-OMol25, eSEN, UMA), de novo design(RFdiffusion 3, LigandMPNN, FlowPacker, BoltzGen), pocket consensus(PocketMiner, DeepPocket, fpocket), NP-MS(SIRIUS+CFM-ID+MIST+DiffMS), TCM(TCMSP+BATMAN-TCM 2.0)을 교차 검증 축으로 둡니다.
기록13
— 03 · Translation
Topical PBPK · Chronotherapy · Korean PGX
Dancik 4-layer 피부 모델과 logKp 학습 모델에 자오류주(子午流注) chronotherapy, Korean PGX topical framework, 동의보감·향약집성방 scaffold xref를 연결해 외용 후보의 시간·개인차·문헌 지도를 분리합니다.
기록04
— 04 · Validation
ABFE · NNP · LigandMPNN · PoseBusters
계산 도구 자체의 한계와 작동 조건을 외부 식별자가 남는 공개 기록으로 검증합니다. paper_A v6 wall-clock CV 3.8%, 3-NNP Pearson r=0.9146, PoseBusters v2 94.5% pass, LigandMPNN Zn²⁺ recovery 95.3% 같은 재현성 지표를 전면에 둡니다.
기록08
FCards
Featured Programs · 대표 연구 후보
외부 공유를 위해 정리한
외부 공유를 위해 정리한
세 가지 연구 후보 묶음
상세 공개 26건과 paper_B v1 · paper #19 v2 outline을 포함한 확장 기록 35건+ 중, 외부 검토와 협업 문의를 위해 우선 정리한 연구 후보 묶음입니다. 모든 후보는 컴퓨터 분석 단계의 연구 후보로 다룹니다.
S/N · 01-MMP1
— Card 01 · Journal Review Track
MMP-1
MMP-1
Zn²⁺ inhibitor ranking
MMP-1 Zn²⁺ 활성부위에서 3종 신경망 퍼텐셜 랭킹 일치도(r=0.9146)와 보리노스타트·인다파마이드 리포지셔닝 가설을 정리한 paper_A v6를 중심으로, 지원 테크리포트(OMol25 paradox · Boltz-2 steering · de novo Zn 설계)가 방법론 한계와 작동 조건을 외부 기록으로 남깁니다.
target
in silico
deposit
published
peer-rev
대상Vorinostat · Indapamide · 3-NNP · Boltz-2 · ABFE failure-mode
구성paper_A v6 (XXVI) + 지원 테크리포트 XXIII · XXIV · XXV
근거3-NNP Pearson r=0.9146 · PoseBusters v2 94.5% · σ 2,068× collapse
상태Preprint Zenodo 정식 공개
S/N · 02-EMB3
— Card 02 · Natural Product Lead
EMB-3
EMB-3
Embelia ribes scaffold
Ayurvedic · 동아시아 한약 자단(Vidanga, Embelia ribes)의 embelin을 AI scaffold-hopping으로 재해석한 흉터 연구 후보입니다. 임상 적용 전 컴퓨터 분석 단계 기록입니다.
target
in silico
deposit
wet-lab
IRB
표적MMP-1 · TGF-β1 축
모달리티Topical small molecule
상태Preprint 컴퓨터 분석 단계 기록 공개
다음Wet-lab pilot (fibroblast · TGF-β assay) 협업 모집 중
S/N · 03-R16R17
— Card 03 · Lead Optimization Stack
R16 / R17
R16 / R17
Chromanol optimization
6-cycle Bayesian active learning(R9–R14)로 정리한 chromanol 계열 multi-target binder. 14 skin-disease 표적에 대한 robustness benchmark 동반.
target
in silico
deposit
wet-lab
IRB
표적14 skin-disease targets (multi-target)
모달리티AI-generated chromanol series
상태Preprint 30 · 60 · 200 ns MD stability 확인
다음ADMET-AI profiling · selectivity filter
— Publishable Findings · frontier metrics
— xtb · Boltz-2
— Reproducibility
— Structure validation
— De novo metal design
도구를 많이 설치했다는 말보다, 재현성 숫자를 공개합니다
이 기록들은 같은 후보와 같은 표적을 여러 도구로 다시 걸러도 결론이 유지되는지 보는 교차 검증 기록입니다.
Outlier collapse
CHEMBL94487 σ_E는 xtb-OPT 사전 완화 후 14.27 → 0.007 kcal/mol, 2,068× collapse. CHEMBL259829는 σ_iptm 0.0629로 CHEMBL57058 best 대비 35× Boltz-2 confidence-axis outlier입니다.
Runtime · NNP agreement
paper_A v6 wall-clock CV 3.8% across 15 clean reseeds(88.4 ± 3.4 min). 3-NNP cross-validation Pearson r=0.9146 [0.817, 0.973]와 top-4 identical rank order를 함께 기록합니다.
PoseBusters benchmark
PoseBusters v2 94.5% pass rate를 Boltz-2 PDBBind 89.2% baseline보다 높은 내부 기준으로 두고, cofold steering protocol의 실패 모드를 별도 기록합니다.
LigandMPNN Zn²⁺ recovery
RFdiffusion 3 → LigandMPNN → FlowPacker → BoltzGen 축에서 LigandMPNN Zn²⁺ recovery 95.3% vs ProtMPNN 46.4%를 paper_C 핵심 지표로 공개합니다.
IIChapter
제2장 · 연구 방법
14개 단백질 표적,
14개 단백질 표적,
4개 회복 질문
상세 공개 26건과 확장 기록 35건+는 피부 회복과 관련된 분자 표적을 컴퓨터로 비교한 자료입니다. 사용한 계산 도구와 코드 일부를 공개해 외부에서 재현할 수 있게 했습니다.
SCAR · 5
PIGMENTATION · 4
ALOPECIA · 2
ACNE · PHOTOAGING · 3
흉터 재생
TGF-β1MMP-1COL1A1CTGFLOX
색소 침착
TyrosinaseMITFTYRP1DCT
탈모
SRD5A2AR
여드름 · 광노화
SREBP1PTGS2SIRT1
IIMethods
제2장 — Computational Toolkit
frontier-tech 50+ 도구,
frontier-tech 50+ 도구,
설치보다 검증이 기준입니다
기존 12개 대표 도구에 NNP 5-stack, de novo design, pocket consensus, NP-MS, TCM database, 기타 60+ adapter를 더해 같은 질문을 여러 계산 축에서 교차 확인합니다.
Boltz-2
단백질과 후보 물질 결합 구조 계산
OpenMM 8
분자동력학 시뮬레이션 (~10-200 ns)
ADMET-AI
약물성 관련 41개 지표 계산
RFdiffusion3 · LigandMPNN
Zn recovery 77.5% vs ProtMPNN 40.6% · FlowPacker/BoltzGen 검증
NNP 5-stack
OMol25/OMat 에너지 지형 교차 검증
xTB / GFN2
반경험적 양자화학 (HOMO/LUMO)
RDKit
화학정보학 · SMILES 처리
PoseBusters v2
94.5% pass rate를 구조 타당성 기준으로 사용
Open Targets 26.03
6-source independent corroboration
NP-MS · TCM stack
TCMSP · BATMAN-TCM 2.0과 한약 scaffold xref
Dancik PBPK
피부 4층 흡수 모델
Frontier Stack
install log보다 cross-validation 결과를 우선 공개
IIIRecords
제3장 — Public Records
공개 연구 기록,
공개 연구 기록,
상세 공개 26건 · 확장 기록 35건+
Genesis_Medicine Lab에서 작성·공개한 학술 기록. 아래 표는 I–XXVI 상세 기록을 유지하고, paper_B v1 · paper #19 v2 outline 등 확장 기록은 상단 프로그램 서사에 반영합니다. 임상 효능 설명과 구분되는 연구 단계 기록입니다.
— Status Badges · 상세 26건 기록 단계
Preprint
13건
Tech Report
09건
— Discovery Programs · 연구 프로그램 Navigator
— Program A
— Program B
— Program C
— Secondary Screens
I–XXVI 상세 기록과 확장 기록 35건+를 연구 프로그램으로 묶어 봅니다
아래 표는 로마 숫자 I – XXVI 순서로 공개된 상세 기록을 유지하되, 상단 chip strip에는 누락되기 쉬웠던 IX–XIII · XVIII · XIX와 paper_B 확장 축을 명시합니다. 같은 기록이 두 프로그램에 걸치는 경우는 양쪽에 노출합니다.
Scar & ECM Remodeling
흉터 · ECM remodeling 축의 연구 후보 발굴 흐름. 5표적(TGF-β1, MMP-1, COL1A1, CTGF, LOX)에 Indapamide MMP-1 연구용 비교 후보를 더해 다중표적 chromanol 계열과 함께 다룹니다.
Topical Translation
피부 흡수와 시간대 약동학을 정량 모델로 다루는 axis. Dancik 4-layer PBPK, 자오류주 chronotherapy, Korean PGX topical framework를 함께 분리합니다.
Method Validation
계산 도구 자체의 한계를 검증하는 axis. ZAFF-AMBER metal 한계, OMol25 paradox, Boltz-2 steering, LigandMPNN 금속조화, active learning multifidelity를 공개 기록으로 정리합니다.
색소 · 탈모 · 여드름 · framework
메인 프로그램 외 보조 vertical과 framework 기록. 색소 · 탈모 · 여드름 · 광노화 single-screen 비교와 한국인 PGx panel · 동의보감 atlas 같은 문헌 · 구조 framework가 포함됩니다.
— Program × Record · 4 × 26 matrix
columns I–XXVI · rows A · B · C · S
A · Scar/ECM흉터 · ECM
10
B · Topical피부 흡수
03
C · Method도구 검증
12
S · Secondary보조 · framework
07
1234567891011121314151617181920212223242526
∑
A · scar/ECM
B · topical
C · method
S · secondary
cross-program (XV · XVI · XVII · XXI · XXVI)
— * cross-program · 두 프로그램에 걸치는 기록
01
XXVI
Preprint
MMP-1 아연 활성부위 억제제 랭킹을 위한 3종 신경망 퍼텐셜 교차검증 — 보리노스타트·인다파마이드 전산 기반 리포지셔닝 연구 (Zenodo 정식 공개)
Cross-Validation of Three Neural Network Potentials for MMP-1 Zn Active-Site Inhibitor Ranking: A Computationally-Driven Repositioning Study of Vorinostat and Indapamide
Neural network potentials (NNPs) are increasingly used to rank metalloenzyme inhibitors, yet agreement across independently trained models is rarely quantified. We cross-validate three NNPs on MMP-1 Zn²⁺ active-site inhibitor ranking and report a rank-agreement of Pearson r = 0.9146 (1,000-bootstrap 95% CI [0.817, 0.973]; leave-one-out r = 0.9146 ± 0.0115). An upstream GFN2-xTB OPT pre-relaxation collapses a conformer-energy outlier (CHEMBL94487) from σ = 14.27 to 0.007 kcal/mol — a 2,068-fold reduction — defining a generalizable mandatory-OPT-rescue workflow. Generated complexes pass PoseBusters v2 physical-validity checks at 94.5%, above the Boltz-2 PDBBind benchmark (89.2%), and a coverage-calibrated conformal reliability layer reports guaranteed-coverage confidence intervals. The repositioning hypothesis places vorinostat together with the sulfonamide-diuretic class (indapamide plus 16 FDA-approved members) in a predictable-conformer region of the MMP-1 catalytic Zn²⁺ pocket; this class has no quantitative MMP-1 activity recorded in ChEMBL. Published on Zenodo (CC-BY-4.0, sole author). In silico stage; hypothesis-generating only, with no clinical efficacy claim.
02
XXIII
Tech Report
MMP-1 등 피부 콜라겐 효소 연구에서 계산 도구의 신뢰도를 검증한 기록
The OMol25 Paradox: Training-Data Domain Specificity Outweighs Architecture in Neural Network Potential Performance on Zn²⁺ Metalloenzyme Conformer Energies
Machine-learning interatomic potentials (MLIPs) are widely assumed to dominate semi-empirical alternatives on molecular tasks. We test this assumption on the conformational energy landscape of fifteen Zn²⁺-binding matrix metalloproteinase-1 (MMP-1) inhibitors drawn from ChEMBL, generated by Boltz-2x cofold sampling with physicality steering. Across thirteen independent diffusion replicates, we evaluate ten energy functions on 100 conformers per ligand per replicate (253,500 conformer single points total). The headline finding is the OMol25 paradox: the same Orb-v3 architecture trained on Meta FAIR's OMol25 molecular dataset drops to r = 0.374 ± 0.025 against GFN1-xTB, versus r = 0.886 ± 0.009 for Orb-v3 OMat — a 0.512 Pearson gap with ≈ 68σ statistical significance across 13 replicates. The v5h revision (2026-05-15) adds a 17-cycle pipeline timing reproducibility table and a chain × concurrent-ADMET fair-share linear regression model. Cluster placement is set by training-data domain, not by architecture. We recommend that practitioners choose materials-trained or broadly-trained MLIPs over molecular-only-trained MLIPs for Zn²⁺ metalloenzyme conformer-ensemble work, pending higher-level DFT validation.
03
XXIV
Tech Report
단백질-리간드 결합 예측 도구의 안정성 프로토콜 검토
Steering potentials, not bug fixes, eliminate catastrophic outliers in Boltz-2 cofold protein-ligand affinity prediction: a six-way protocol evaluation on zinc-hydroxamate MMP-1 inhibitors
Boltz-2 cofold sampling for protein-ligand affinity prediction occasionally produces catastrophic outliers — single conformers with unphysical energies that distort downstream affinity ranking. We evaluate six protocol variants on the canary ligand CHEMBL94487 and the full MMP-1 hydroxamate cohort (15 inhibitors × 100 samples each), comparing standard Boltz-2 vs. community-fork bug-patched versions, with and without the --use_potentials physicality steering flag. The full-cohort outlier rate drops from 0.067 % (standard Boltz-2 without flag) to 0.000 % (standard Boltz-2x with --use_potentials, σ_filt = 4.29 kcal/mol). The community fork's metal-ion bug fix alone (without the flag) does not eliminate outliers and shows σ_filt = 6.66 kcal/mol. We recommend standard Boltz-2 + --use_potentials as the publishable protocol for Zn-metalloenzyme cofold work.
04
XXV
Tech Report
ECM/콜라겐 재생 관련 금속효소 설계 파이프라인 공개 기록
End-to-end de novo design of Zn²⁺ metallohydrolase binders: an open-source canonical pipeline anchored by LigandMPNN's metal-coordination recovery
De novo enzyme and binder design for Zn²⁺ metallohydrolases (MMP, HDAC, carbonic anhydrase families) requires a sequence-design step that respects the metal-coordination geometry of the active site. We benchmark the canonical four-stage open-source pipeline (RFdiffusion3 backbone generation → LigandMPNN sequence design → FlowPacker side-chain packing → AlphaFold3/Boltz-2x cofold validation) on 1HFC matrix metalloproteinase-1 catalytic domain. The headline finding: LigandMPNN doubles Zn-coordinating residue native recovery from 46.4 % (plain ProteinMPNN) to 95.3 %, with structural-Zn-triad recovery jumping from 0 % to 90.6 %. ESM-C 600M zero-shot pseudoperplexity confirms the LigandMPNN designs as more native-like (2.85 vs 3.03). The pipeline assembly and per-stage failure modes are documented for community reproduction.
05
VIII
Tech Report
천연물 후보의 결합력을 계산하는 방법론 검토
A calibrated absolute binding free energy pipeline with flat-bottom centroid restraint and analytical standard-state correction for natural-product scaffold-hopping in OpenMM 8 / openmmtools 0.26
Absolute binding free energy (ABFE) calculation is increasingly used to evaluate ligand-protein affinity at quantitative resolution, but practical implementation requires careful protocol assembly: (i) thermodynamic-cycle closure across complex- and solvent-decoupling legs, (ii) appropriate ligand restraints (Boresch 6-DOF orientational, or simpler distance restraints), (iii) analytical standard-state correction, and…
06
XVIII
Tech Report
피부질환 후보 물질의 우선순위를 정하는 계산 스케줄러 연구
Cost-Aware Multi-Fidelity Bayesian Optimization with Runtime-Gated Cascading Tiers for Autonomous in silico Dermatology Discovery
Autonomous virtual-screening pipelines suffer a recurring failure mode: cheap predictors (Boltz-2 affinity, ADMET, xTB conformer scoring) accumulate thousands of candidate scores, yet expensive validation tiers (long molecular dynamics, absolute binding free energy, wet-lab) advance unevenly because the scheduler cannot reason simultaneously about cost, information value, gate-policy, and runtime availability of each…
07
XIV
Tech Report
피부에 바르는 후보 물질의 흡수 과정을 계산한 모델
A Topical Skin PBPK Pipeline for Natural-Product-Inspired Therapeutics: Integrating Dancik 4-Layer ODE, SkinPiX-Trained LGBM logKp, and NPASS 2026 ADME Records
Topical (transdermal) drug delivery is the dominant route for dermatological therapeutics, yet most AI drug-discovery pipelines omit physiologically-based pharmacokinetic (PBPK) modeling for skin. We present a fully open-source pipeline combining: (1) Dancik 4-layer skin PBPK (stratum corneum → viable epidermis → dermis → systemic); (2) LightGBM logKp head trained on SkinPiX (n=2,326, OECD 428) + NPASS 2026 ADME reco…
08
XII
Tech Report
Genesis_Medicine — 한약 신약 연구를 위한 공개 AI 파이프라인 소개
Genesis_Medicine: an open-source AI pipeline for Korean traditional medicine drug discovery — ~25 active modules + ~25 adapter scaffold catalog with design philosophy (v0.3 audit-corrected)
Modern AI-driven drug discovery is built on a heterogeneous stack of open-source tools. Specialized application domains require tool selection, integration, and adaptation. We describe Genesis_Medicine, an open-source pipeline for AI-driven Korean traditional medicine (한약·생약) drug discovery. We honestly distinguish: (i) a 7-tool active core that produces all real pipeline outputs in this work (Boltz-2 cofold, REINVEN…
09
XXII
Tech Report
천연물 후보 순위가 계산 조건에 따라 얼마나 달라지는지 검토
Method-, conformer-count-, and solvent-robust ranking of natural-product screening corpora via xtb semi-empirical quantum chemistry: a multi-axis robustness benchmark
Tight-binding semi-empirical quantum chemistry (xtb-GFNn-xTB) has become a workhorse triage tool for ranking large compound libraries ahead of more expensive structure-based scoring. Whether the resulting ranks are robust to the methodological choices an analyst makes — the GFN parameter set, the conformer-ensemble size, and the implicit solvent model — is rarely tested at scale. We benchmark these three robustness a…
10
XXI
Tech Report
아연 금속효소 표적에서 결합 에너지 계산의 한계 검토
Limitations of ZAFF-AMBER absolute binding free energy calculation for zinc metalloenzyme inhibitors: a replicate-pair analysis on MMP-1
Absolute binding free energy (ABFE) calculations on zinc metalloenzymes present a stress test for non-bonded zinc force fields such as ZAFF-AMBER: the catalytic Zn binding chemistry of hydroxamate, sulfonamide, and thiol inhibitors must be reproduced from a fixed-charge, restraint-based description of the metal coordination shell. We benchmark the ZAFF-AMBER + GAFF-2 + AM1-BCC ABFE protocol on fourteen ChEMBL MMP-1 i…
11
III
Preprint
EMB-3 피부 흉터 연구 후보를 컴퓨터 시뮬레이션으로 검토
AI-driven scaffold-hopping of Embelia ribes embelin yields a topical-friendly anti-fibrotic candidate (EMB-3): an in silico case study for skin scar regeneration
Embelin (2,5-dihydroxy-3-undecyl-1,4-benzoquinone) is the principal bioactive of Embelia ribes Burm.f. (Ayurvedic Vidanga; East Asian 자단), an Ayurvedic and East Asian traditional-medicine plant with documented anti-fibrotic activity in liver and pulmonary models but no published investigation in skin fibrosis. We present an in silico case study in which embelin serves as the scaffold-hop seed for an AI-augmented …
12
I
Preprint
자단 유래 성분을 피부 섬유화 연구 후보로 검토
Embelia ribes (Vidanga, 자단) revisited: from Ayurvedic-East Asian traditional use to AI-augmented scaffold-hopping for skin fibrosis
Embelia ribes Burm.f. (Myrsinaceae) is a climbing shrub native to South Asia and parts of East Asia. Its dried fruit, known as Vidanga in Ayurvedic medicine and 자단(子團子) in Korean materia medica references, has been used for over two millennia as an anthelmintic, anti-inflammatory and digestive remedy. The principal bioactive constituent is embelin (2,5-dihydroxy-3-undecyl-1,4-benzoquinone), present at 4–5% of dry w…
13
IV
Preprint
색소침착 외용 후보 탐색을 위한 한약 성분 계산 비교
In silico screening of 15 Korean herbal compounds against tyrosinase, TYRP1 and DCT (TRP-2) for topical hyperpigmentation: real Boltz-2 cofold + ADMET-AI results identify oxyresveratrol, curcumin, and resveratrol as topical-friendly leads
Topical hyperpigmentation disorders (melasma, post-inflammatory hyperpigmentation, solar lentigines) are mediated by the tyrosinase (TYR) / TYRP1 / DCT (TRP-2) melanin-synthesis network and the master transcription factor MITF. Korean traditional medicine maintains a long-standing repertoire of 비백제 (depigmenting) preparations centered on Glycyrrhiza uralensis (감초), Camellia sinensis (녹차), Morus alba (상백피), *B…
14
XV
Preprint
여러 피부질환 표적을 함께 보는 천연물 후보군 연구
A Universal Pterocarpan-Vinyl-Polyphenol Scaffold for Multi-Target Skin Therapeutics: Six-Cycle Bayesian Active Learning Identifies Six Multi-Target Leaders Across 14 Skin-Disease Targets
We report the discovery of a pterocarpan-vinyl-polyphenol scaffold family that acts as a universal molecular template across six independent skin-disease verticals (scar regeneration, pigmentation, alopecia, acne, photoaging, fibrosis cross-disease). Six members of this family were identified through six rounds of Bayesian active learning (R9–R14, 4,597 cofold predictions integrated, 14 protein targets, 200-candidate…
15
XVII
Preprint
외용 크로마놀 후보의 장기 안정성 계산 검토
R16 Topical Chromanol Lead Short Communication: 18-Pair 30 ns Matrix, 60 ns Robustness Panels, and Complete 200 ns Anchor-Triad Follow-up
R16 optimized the R15 chromanol fragment toward a topical lead hypothesis by increasing skin-window compatibility while preserving a compact chromanol core. We evaluated six chloro/dimethyl analogs across TGFB1, DCT, and TYR using Boltz-2 cofolding, an 18-pair 30 ns OpenMM stability matrix, two 60 ns robustness panels, and 100 ns plus 200 ns anchor-triad follow-up. The top cofold row was r16_03_tgfb1 (R15_chromanol_C…
16
XVI
Preprint
크로마놀 계열 후보의 안전성과 외용 가능성 검토
R15 Chromanol Safety-First Fragment Triage: 14-Target Cofolding, ADMET/xTB Filtering, and 30 ns MD Separates Systemic-Safety and Topical-Lead Paths
R15 generated a compact chromanol fragment, OCC1COc2cc(O)ccc2C1, as a safety-first derivative of the broader pterocarpan-vinyl-polyphenol scaffold program. The central question is whether this fragment should be treated as a topical lead or as a systemic-safety fragment hypothesis. The answer is deliberately split. In ADMET/xTB triage, the R15 parent is predicted to be clean for AMES, DILI, and hERG liability, but it…
17
XX
In Prep
RECOVER R17: 크로마놀 후보 생성 지도
RECOVER R17: chromanol generative atlas (in silico)
Manuscript metadata to be finalized. DOI issued; full abstract pending publication.
18
V
Preprint
탈모 외용 후보 탐색을 위한 한약 성분 계산 비교
In silico screening of 15 Korean herbal compounds against the SRD5A2 / AR / β-catenin axis for androgenetic alopecia: real Boltz-2 data identifies Emodin, Saponin Re, and Biochanin A as topical-scalp candidates with safety considerations
Androgenetic alopecia (AGA) is driven by androgen-pathway enzymes (SRD5A1/2 catalyzing testosterone → DHT), the androgen receptor (AR), and the hair-follicle-cycle Wnt / β-catenin axis. Korean traditional medicine documents hair-vitalization preparations centered on Polygonum multiflorum (하수오; emodin, physcion), Astragalus membranaceus (황기; astragaloside IV), and Panax ginseng (인삼; ginsenosides Rg1, Rb1, Saponi…
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XIII
Preprint
탈모 연구에서 기계적 자극 관련 축을 컴퓨터로 재검토
Mechanotransduction in Androgenetic Alopecia: An In Silico Repositioning Study of PIEZO1 + MLCK Axis Using Cofolding and Pilosebaceous Single-Cell Atlas Constraints
Androgenetic alopecia (AGA) has been treated for decades through the androgen axis (5α-reductase / AR), yet ~50% of patients respond inadequately. A 2026 Nature Communications report identified connective tissue sheath (CTS) hypercontractility mediated by PIEZO1 mechanosensation and myosin-light-chain kinase (MLCK) as a non-androgen cause of follicular miniaturization, with ML-7 (MLCK inhibitor) restoring hair grow…
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VII
Preprint
광노화 외용 후보를 찾기 위한 폴리페놀 성분 비교
In silico screening of 15 polyphenols and reference compounds against MMP-1 + SIRT1 for topical photoaging: real Boltz-2 data positions EMB-3 at the top of the panel; Resveratrol leads SIRT1 axis; classical references (vitamin C, niacinamide, ferulic acid) rank low
Photoaging — UV-induced premature dermal change including wrinkle formation, elastosis, pigment irregularity — is mediated by MMP-1 (interstitial collagenase, the principal photoaging effector) and SIRT1 (NAD-dependent deacetylase, longevity / DNA-repair regulator), among other targets. We screen 15 compounds against MMP-1 + SIRT1 using Boltz-2 cofold (cached MSAs) and ADMET-AI v2.0.1. FBN1, mTOR, and elastin were NO…
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VI
Preprint
염증성 여드름 외용 후보 탐색을 위한 한약 성분 계산 비교
In silico screening of Korean herbal compounds against the SRD5A2 / AR sebaceous-androgen axis for inflammatory acne: real Boltz-2 data identifies Baicalein as top topical-friendly candidate; Berberine carries a critical hERG safety flag
Inflammatory acne pathogenesis includes androgen-driven sebaceous activity (SRD5A1/2 + AR + SREBP1), ductal hyperkeratinization, Cutibacterium acnes colonization with virulence factor expression (RoxP, GehA, sortase), and inflammatory cascades. Korean traditional medicine documents anti-acne preparations centered on 황련 (Coptis chinensis; berberine, palmatine), 황금 (Scutellaria baicalensis; baicalein, baicalin, w…
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IX
Preprint
피부 흉터 연구가 전신 섬유화 연구와 어디까지 연결될 수 있는지 검토
From skin scar to systemic fibrosis: Open Targets evidence and the limits of canonical anti-fibrotic axis-based cross-disease hypothesis (an EMB-3 in silico case)
Pathological fibrosis across organs — skin scarring, idiopathic pulmonary fibrosis (IPF), systemic sclerosis, renal fibrosis, hepatic fibrosis — is widely framed in medicinal-chemistry literature as sharing a converging TGF-β / Smad / MMP / CTGF / collagen-deposition master-switch network. We investigated whether this conceptual axis-sharing translates to evidence-based cross-disease applicability for an AI-derived m…
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XIX
Preprint
paper #19 v1 · 동의보감·향약집성방 한약재와 현대 분자 표적을 연결한 공개 scaffold atlas
Korean herbal medicine scaffold cross-reference: a literature-grounded scaffold atlas linking 동의보감 and 향약집성방 monographs to modern target classes via 60 ns molecular dynamics evidence
Korean traditional medicine texts (동의보감 1610, 향약집성방 1433) catalog hundreds of herbal monographs with empirical clinical use across centuries, but systematic cross-reference between these monographs and contemporary molecular target classes is fragmentary. We assemble a scaffold-level atlas mapping 동의보감 / 향약집성방 monograph entries to modern phytochemistry and target classes via 60 ns molecular dynamics evidence. Hypothesis-generating only; no clinical efficacy claim.
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XI
Framework
외용 한약 개인화를 위한 한국인 유전 변이 검토 틀
A Korean pharmacogenomics panel for topical-herb-medicine personalization: framework design integrating CYP, UGT, HLA, and skin-barrier variants
Pharmacogenomic (PGx) variation drives substantial inter-individual differences in drug response. The Korean population exhibits distinctive allele frequencies relative to the Caucasian-dominated reference data underlying many published PGx panels — for example, CYP2D6\10 (intermediate metabolizer, ~50% frequency in Koreans vs ~3% Caucasian [1]) and HLA-B\15:02 (severe cutaneous adverse-reaction risk, frequency ~0.…
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X
Framework
외용 치료와 시간대 변수를 함께 보는 연구 프레임
Chronotherapy of topical Korean medicine: a quantitative framework integrating 자오류주(子午流注) twelve-meridian timing with circadian molecular biology and topical pharmacokinetics
Korean traditional medicine maintains a centuries-old chronotherapeutic framework — 자오류주(子午流注, Cha-Oh-Ryu-Ju) twelve-meridian timing — in which the twelve principal meridians (간/담/심/소장/비/위/폐/대장/신/방광/심포/삼초) are assigned 2-hour windows of peak qi flow (시진, sì-jin) across the 24-hour cycle. Modern circadian biology has revealed substantial molecular evidence for cell-autonomous and tissue-level circadian rhythms, includ…
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II
Framework
한의원에서 AI 기록 도구를 어떻게 연결할 수 있는지 정리한 연구
An integrated AI workflow for a Korean medicine clinic: 3D facial diagnostics, RAG-based electronic medical records, and computational molecular prescription
Korean medicine (한의학) clinics face a structural gap between traditional pattern-based diagnosis (변증) and modern personalized molecular medicine. We describe an integrated end-to-end workflow assembled across three affiliated entities — HAN PREDICT, Inc. (AI healthcare technology platform), Genesis_Medicine Lab (in silico natural-product drug discovery), and Recover Korean Medicine Clinic (skin-regeneration practice o…
상세 공개 26건 · 확장/outline 포함 35건+ · 모든 기록은 외부 식별자 포함 — Genesis_Medicine Lab · 2026
CInquiry
Collaboration Inquiry · 협업 문의
Wet-lab 검증과 방법론 공동 연구를 위한
Wet-lab 검증과 방법론 공동 연구를 위한
협업을 제안받습니다
Genesis_Medicine Lab의 연구는 현재 in silico 단계입니다. 다음 단계에서는 외부 lab의 wet-lab 검증, 도메인 DB 협업, 계산 방법론 공동 개발이 필요합니다.
Fibroblast · TGF-β · MMP-1 inhibition · ECM remodeling assay
피부과학 R&D · 한의약 연구소 등에서 fibroblast / TGF-β / MMP-1 inhibition / ECM 관련 assay를 운영 중인 lab과 함께 연구 후보 검증을 진행할 수 있습니다.
한약재 · 천연물 DB · computational annotation
KMCRIC · NPAtlas · COCONUT 등 한약재 · 천연물 DB 운영 기관과 함께 chemical structure annotation과 traditional medicine cross-reference 자료를 정리할 수 있습니다.
Boltz · MACE · Orb · SevenNet · UMA 등 AI 방법론 공동 개발
Boltz / MACE / Orb / SevenNet / UMA 등 AI 계산화학 도구의 사용 한계와 작동 조건을 함께 검증하고, 외부 식별자가 남는 공동 기록으로 정리하는 작업입니다.
— Direct contact
crazat7@gmail.com
위 세 영역 외에도 in silico 단계의 외부 검토 · 토론 문의 환영합니다. 답변은 보통 영업일 기준 2 – 3일 이내에 드립니다. 의료광고가 아닌 연구 활동 문의에 한합니다.